Die Inkas an der südamerikanischen Pazifikküste waren sich bereits vor Jahrhunderten über die Auswirkungen eines starken El Nino Events bewusst. Forschungsergebnisse deuten darauf hin, dass es massenhaft zu menschlichen Opferungen während verheerenden Überflutungen kam, um die Götter von Sonne und Mond zu beschwichtigen. Radiokarbonanalysen vom dortigen Meeresboden lassen aber darauf schließen, dass bereits früher El Nino Ereignisse auftraten. Vermutlich bereits vor 10.000 Jahren nach Ende der letzten Eiszeit.
Offiziell zum ersten Mal namentlich erwähnt wurde El Nino allerdings erst 1892 in einem Bericht für den Geographic Society Congress. In diesem wurde von peruanischen Fischersleuten über periodisch auftretende ungewöhnlich warme Wasserströmungen berichtet, die regelmäßig die lokale Wirtschaft zerstören. Wie wir heute wissen, reduziert das ungewöhnlich warme Wasser das Aufsteigen von wichtigen Nährstoffen aus der Tiefe. Somit wird die Nahrungskette gestört und es kommt zu einer Fischabwanderung bzw. zu einem Fischsterben. Die Fischer berichteten weiters, dass das Phänomen typischerweise seinen Höhepunkt zu Weihnachten erreicht, was zum Namen „El Nino“, spanisch für „Christ Kind“ führte. Die Gefahr ist nach wie vor vorhanden, vor allem da Frequenz als auch Stärke der El Nino Events in Zukunft mit der globalen Erwärmung noch zunehmen könnten.
Ein paar Jahre nachdem der Begriff El Nino in der Wissenschaft Einzug hielt, beobachtete der britische Mathematiker Gilbert Walker, der in Indien für die Monsunbeobachtung stationiert war, ein ausgeprägtes „Tauziehen“ in seinen Luftdruckaufzeichnungen zwischen dem Ost- und dem Westpazifik, der sogenannten Southern Oscillation (Südliche Oszillation). Er erkannte auch, dass die SO große Auswirkungen auf das weltweite Wetter hat. Aber erst der amerikanisch-norwegische Meteorologe Jacob Bjerknes konnte die Verbindung zwischen den ozeanischen und den atmosphärischen Komponenten im Pazifikraum finden, das als ENSO (El Nino-Southern Oscillation) bekannt wurde. Bjerknes und seine Kollegen beschrieben nicht nur den empirischen Zusammenhang zwischen den beiden Phänomenen, sondern auch die zugrundeliegende physikalische Erklärung. Indem sie den Einfluss der ENSO auf die Passatwinde und den Monsun erkannten.
Die ENSO und da vor allem dessen warme Phase, El Nino, erweckte während des Winter 82/83 großes Interesse. Dieser bisher stärkste bekannte El Nino Fall verursachte durch Rekordregenfälle zerstörerische Überflutungen in Ecuador und Peru, als auch in den westlichen und südlichen Teilen der USA. Währenddessen leideten Teile von Australien, Indonesien und das Landesinnere von Südamerika unter verheerenden Buschbränden und Dürren. Die peruanische Fischerei war durch einen beinahen Komplettausfall beim Sardellenfischfang und der Abwanderung der Sardinen nach Süden in kühleres Wasser ruiniert. Das Ereignis kam im Großen und Ganzen für die meteorologische Gemeinschaft überraschend. Daraus resultierten zahlreiche Foschungsprojekte als auch die Installation Dutzender neuer Sensoren im Pazifik um Messgrößen wie die Meeresoberflächentemperatur zu detektieren. Deswegen konnte man dann im Winter 97/98 ein ähnlich starkes El Nino Ereignis besser und früher prognostizieren.
Das El Nino Ereignis diesen Winters ist auf gutem Weg der Events 97/98 als auch 82/83 Konkurrenz zu machen. Für Manche wird er eine willkommene Linderung von vorangegangenen Dürrejahren bringen. Andere, wie die Inkas, fürchten das Potenzial für eine stürmische Zeit voller Chaos.